袋式除尘器的初期运行是指启动后两个月之内的运行。这两个月之内是袋式除尘器容易出现毛病的时期，只有在充分注意的情况下有问题及时排除，才能达到稳定运行的目的。
1、处理风量
为了稳定滤袋的压力损失，运行初期往往采用大幅度提高处理风量的办法。让气体顺利流过滤袋。此时如果风机的马达过载，可用总阀门调节风量。因为这种情况快则几分钟，慢则几天才能恢复正常。所以，在开始好用压力表进行观察，也可以从控制盘上电流表的读数推算出相应的风量值。
2、温度调整
用袋式除尘器处理常温气体一般不成问题，但处理高湿气体时，初运行  ，若不予热 ，滤袋容易打湿，网眼会严重堵塞，甚至无法 运行。另外，滤袋若不充分干燥，往往会出现结露现象。准确预测袋式除尘器的露点是困难的，因此须注意由于结露而造成的滤料网眼堵塞和除尘器机壳内表面的腐蚀问题。
3、除尘效率
滤袋上形成一层粉尘吸附层后 ，滤袋的除尘效率应当很好。这时，由于初期处理风量增加，袋式除尘器处于不稳定状态。因而测定除尘率好从运行若干天或一个月后进行较好。在稳定状态下，颗粒细的低浓度粉尘其除尘效率一般应在99.5%以上。
4、粉尘的排出
收集在灰斗的粉尘，既可以自动排出也可以手动排出，但须按规定的顺序排出。运转初期，经常一到数天都不排灰，这些粉尘在布袋上，一直打到除尘器的大 容尘量为止，此后按顺序排出。粉尘排出的周期不正确，不能形成稳定的运转制度。一般当回收的粉尘量过多的时候，多是因为初设计的予定值不准确。如达不到灰尘量的予定值，开始时须不断的取出灰尘以控制回收量的多少。
5、袋式除尘器的安装
袋式除尘器安装并使用1-2个月后，袋会变长。袋变松弛后，一方面容易和邻接的布袋箱接触而磨损，另一方面在松弛部分，由于粉尘堆积和摩擦而使布袋产生孔洞。另外，由于拉力消失，使清灰效果变差而产生布袋网眼的堵塞。因此在设备安装1-2 个月后进行检查，并对拉力进行调整。虽然弹簧式的袋式除尘器可以不必调整，但也应当经常检查，运转一年后，须把不合适的弹簧换掉。
6、附属设备
管道和吸尘罩是重要附属设备，在运转初期时很容易通过异常振动，吸气不好，操作不良等故障来判断。运行时，要注意排风机有无反转，并及时给风机上油，虽然目前大部分风机都带有自动启动装置而使事故较少，但是在没有自动启动的情况下，由于启动失败后致使电源的保险丝烧断，马达单相运转，从而烧毁事故在运转初期时有发生。
 此外气体温度的急剧变化，对风机也有不良的影响，应避免这种情况。因为温度的变化，可能引起风机轴的变化，形成运行不平衡状态，引起震动。而且在停止运行时，如温度急剧下降，再开动的时候也有产生振动的危险。